সেনা কর্মকর্তাদের জিম্মি করে দাবি আদায়, বাহিনীর চেইন অব কমান্ড ধ্বংস ও অকার্যকর করা, ভবিষ্যতে সেনা কর্মকর্তাদের প্রেষণে বিডিআরে আসা নিরুৎসাহিত করা পিলখানা হামলার লক্ষ্য ছিল বলে হাইকোর্টের রায়ে বলা হয়েছে।
বিচারপতি মো. আবু জাফর সিদ্দিকী তার পর্যবেক্ষণে এ বিষয়ে ৭ কারণ চিহ্নিত করেন। কারণগুলো হলো- সেনাবাহিনী ও বিডিআরকে সাংঘর্ষিক অবস্থানে দাঁড় করিয়ে আইন শৃঙ্খলা পরিস্থিতির অবনতি ঘটানো, তখনকার ৪৮ দিনের সরকারকে উৎখাতের প্রয়াসে দেশকে অস্থিতিশীল করা, দেশের অভ্যন্তরীণ নিরাপত্তা ও স্থিতিশীলতা নষ্ট করা, বহির্বিশ্বে বাংলাদেশের ভাবমূর্তি বিনষ্ট করা, জাতিসংঘের শান্তি মিশনে অন্যান্য বাহিনীর অংশগ্রহণ ক্ষতিগ্রস্ত করা।